Appelé primitivement, Sanctus-Ylarius, 1084; Sanctus-Hilarius-Desuper-Erram, vers 1110 (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre), Sanctus-Hylarius-super Erram, vers 1140 (cartulaire de Thiron).
Prieuré dépendant de l'abbaye de Marmoutier, fondé vers 1045 par Gannelon, trésorier de Saint-Martin de Tours.

Le village de Saint-Hilaire-sur-Yerre s'étend sur 1640 hectares à une altitude de 100 mètres. Le territoire communal regroupe 22 hameaux.

Baronville, lieu-dit, mentionné sous le nom de Basonis-Villa vers 1100. Basonville en 1469, Bazonville en 1621 (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre).
La métaierie de Baronville, était affermée, en 1492, par le prieur de Saint-Hilaire, deux setiers de froment, 12 de méteil, 12 de seigle, 20 d'avoine et 2 pourceaux à choisir.

La Bâtisse, lieu-dit appelé autrefois, Les Journées-Longues.

Bechereau, ancien moulin. Mentionné sous le nom de Boscherellum en 1192, Bécherle en 1227, Beschereau en 1458 (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre), Bechevreau en 1444 (charte de l'abbaye de Saint-Avit près Châteaudun).

Le Buisson, lieu-dit.

Le Châtaignier, hameau, mentionné vers 1080 sous le nom de Castiniacum, en 1084 sous le nom de Cattiniacum, en 1226 sous le nom de Chateingne, en 1479 sous le nom de Chastigny (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre). Châteigné, vers 1750 (plan).

Chaumanteau, lieu-dit. Ce lieu est mentionné dès 1474 sous le nom de Chaumenteau (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre), puis sous le nom de Chaudmenteau vers 1750, ainsi que Chau-Manteaux vers 1860.

Les Clos Barrault, lieu-dit.

Le Crocq, lieu-dit, mentionné en 1750 sur un plan sous le nom de : Le Crot.

L'Etrille, Lieu-dit. La ferme et le château ont apparteneu à M. Raimbert.

Gadebuche, lieu-dit, mentionné sous le nom de Gastebuche sur un plan de 1750.

Le Grand-Clos, lieu-dit.

Guechevreau lieu-dit, ancien moulin à farine connu dès 1208 sous le nom Vadum-de-Flaci, (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre). S'est aussi appelé le Gué-Chevreau.

Mersantes, hameau. L'origine du nom de ce lieu date des années 1050-1060 où ce lieu est appelé « mère des sentiers » ou plutôt « mère des buissons » parce que la nature du sol y fait croître sans cesse un grand nombre d'arbustes épineux formant un épais fourré. Mentionné sous le nom de Mater-Semita en 1030, Matersenta en 1050, Meresent en 1180 (charte du prieuré de Saint-Martin-de-Chemars), Merasenta en 1080 (charte du prieuré d'Epernon), Amara-Semita, vers 1150, Méresente en 1208, Merescente en 1228, Mairesente en 1475 (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre), Meresante en 1510 (notaire de Courtalain).

Mersantes, Ancien fief seigneurial (1118). Autrefois Mater-Semita vers 1030 ; Matersenta vers 1050 ; Meresent vers 1180 (charte du prieuré de Saint-Martin de Chamars) ; Merasenta vers 1080 (charte du Prieuré d’Epernon ; Amara-Semita vers 1050 ; Mèresente, 1208 ; Merescente, 1228 ; Mairesente, 1475 (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre) ; Meresante, 1510 (notaire de Courtalain). Vers 1080, Raherius donne Mater-Semita au prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre.

Montauban, hameau, mentionné, sur un plan, sous le nom de Monthaubant en 1750.
Siège d'une mairie. Autrefois, les maires étaient des officiers ruraux des grands monastères ou des chapitres. Ils cumulaient les fonctions de juges de paix, commissaires de police, gardes-champêtres et collecteurs d'impôts.

Moulard, lieu-dit, nommé Mollehart, 1200 (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre).

La Nitière, lieu-dit.

Perchonville, hameau de la commune de Saint-Hilaire-sur-Yerre, s’est appelé Proanivilla, vers 1050 (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre) ; Porcheronville, 1575 (charte de l’abbaye de Saint-Avit près Châteaudun) ; Percheronville, 1586 (charte du comté de Dunois).

Le Puits, hameau, mentionné sous le nom Puteus-Fracte-Teste vers 1080, le Puis en 1475 (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre), le Puy sur un plan vers 1750.

Reculay, hameau, mentionné sous le nom de Recullet en 1407 (charte du chapitre de Saint-André de Châteaudun), Hercullet en 1717, Erculet en 1729(charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre), Reculet vers 1750 (plan).

Le Rouilly, lieu-dit, mentionné sous le nom Le Roilleiz en 1269 (charte du chapitre de Saint-André de Châteaudun), Le Roueilleys en 1473, le Roueillis en 1474 (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre), Le Rouillis vers 1750 (plan). La métairie du Rouilly fut achetée par le prieur de Saint-Hilaire en 1472.

La Rousselière, lieu-dit.

Villaine, lieu-dit, mentionné sous le nom de Villenæ en 1203 (charte de l'abbaye de Thiron), Vilaine vers 1750 (plan). Gué pour franchir l'Yerre, aujourd'hui une passerelle.

La Viseterie, lieu-dit, tire son nom de Jacques le Viste, qui vivait en 1605. La Vistrie, 1610 ; la Vicetrie, la Visterie, 1632 (charte de l'abbaye de Saint-Avit près Châteaudun).

Le Vivier, lieu-dit. L'Yerre retrouve son cours en recevant les eaux de la fontaine du vivier. Une fontaine célébrée par Augustin Costé sous le titre de « Nympha Vivaria ». Le premier propriétaire connu est Hugues I, vicomte de Châteaudun vers 985. Ayant appartenu à un certain Jean de Viviers et à Guillaume de la Roche Bernard au cours de la guerre de Cent ans. Le poète Augustin Costé la vendit à Lambert du Gayet seigneur de Thiville. En 1274, une charte de bornage est signée par le seigneur Geoffroy Gode. Mentionné sous le nom de Vivarius en 1031 (cartulaire de Saint-Denis de Nogent-le-Rotrou, Vibecium en 1110, Viviers en 1621 (charte du prieuré de Saint-Hilaire-sur-Yerre), Vivyers en 1525 (notaires de Châteaudun). Dépendait de Douy au XVIIIème siècle.