Donner une date sur l'origine de Cloyes serait pure fantaisie. Nombre d'objets et de vestiges Gallo-Romains trouvés sur le territoire de la commune (cimetière mérovingien, sarcophages de grés rose, et pierre blanche attestent l'ancienneté de Cloyes, qui fut un bourg clos de murs, avant d'être le 28 mai 1545 en ville lors du séjour à Cloyes de François 1er.

Cloyes en latin Cloa, Cloia, Claya, Cloya, paraît provenir du vieux mot Cloca, qui veut dire Claies faisant penser aux prairies entourées de claies situées sur le bord du Loir.

Cloyes prit naissance dans le quartier du Vivier puis prit de l'extension sur la rive gauche du Loir, traversa la rivière, et continua à s'étendre sur la rive droite. Ce bourg est de venu par la suite un centre important pour l'agriculture, le commerce et l'industrie.
Traversée par un chemin de grandes communications, Cloyes profita ainsi du passage des grands personnages de l'histoire :
Saint Solesmes (507), évêque de Chartres, accompagna, jusqu'aux limites de son diocèse, le Roi Clovis qui se dirigeait sur la Loire contre les Wisigoths.

Le pape Alexandre II (1164), le roi d'Angleterre Edouard III (1360) qui se rendait en Bretagne.
En 1372, 1373, 1383 et 1402, Philippe le Hardi, régent de France sous Charles VI, duc de Bourgogne en 1417.
Jean Sans Peur, Louis XII et la reine Anne de Bretagne en 1505. François 1er en 1545, qui lors de son passage érigea Cloyes en ville.En 1560, François II avec la jeune reine Marie Stuart. 

En 1562, ce fut Catherine de Médicis qui dina à Cloyes.Puis plus près de nous, Emile Zola qui s'installa à l'Hôtel du Dauphin pour écrire son célèbre roman « la Terre ».
Notons quelques vieilles maisons : Maison à Tourelle (1553), Maison des Templiers, et la maison dite « Château de Cloyes » dans le centre ville.